外科手術通常以其緊急性、目的、程序類型、涉及組織系統、入侵程度與使用儀器來分類。

緊急性：

非急需手術（Elective surgery）：在不涉及性命的情況下，患者可視需求決定的手術。

緊急手術（Emergency surgery）：為了保存性命、四肢或身體機能而必須立即施行的手術。

程序類型：

依不同的手術程序分類，種類很多，如：

截肢手術（Amputation surgery）：切除部份或全部肢端或四肢的手術。

切除手術（Excision）：切除全部或部份組織。

整型手術（Plastic surgery）：改變或恢復組織的形狀與功能。

重建手術（Reconstructive surgery）：重建或修補組織，使恢復形狀與功能。

接回手術（Replantation surgery）：接回被截肢組織的手術。

移植手術（Transplant）：從自體或異體移植部份或全部組織。

清創手術：清除傷口髒的組織，移除致命毒素

涉及組織系統：
依手術涉及的器官、組織或系統分類，如：

下腹手術（Abdominal surgery）。

腦部手術（Brain surgery）。

心臟手術（Cardiac surgery）。

胸腔手術 (Chest surgery)。

闌尾切除手術(Appendectomy)。

入侵程度：

微創手術（Minimally invasive surgical procedure）：將切口極小化的手術，以減少失血，避免傷害正常組織，加速瘉合。

一般手術（General surgery）：剖開身體施行手術。